Tahttan indirildikten sonra Topkapı Sarayı'na gönderilen Abdülaziz'e, Üçüncü Selim'in öldürülmüş olduğu daire verilmişti. Üçüncü Selim ve Dördüncü Mustafa'nın tahttan indirildikten sonra bu sarayda öldürüldüklerini, Serasker Hüseyin Avni Paşa'nın kendisine sonsuz kin beslediğini göz önüne alan Abdülaziz, öldürüleceğine inanmaya başlamıştı. Bu korku, intihar düşüncelerine yol açıyordu. Mehmed Memduh'un "Mir'at-ı Şuunat /Hal'ler İclaslar" eserinde anlattığına göre, "Beni Sultan Selim gibi burada imam etmek isterler," "Bundan böyle benim hayatım fitneye yol açacak, bir parça zehir bulamaz mısınız?" gibi sözler söylüyordu. Sonunda Beşinci Murad'a mektup yazarak başka bir yere gönderilmeyi rica etti ve Ortaköy-Beşiktaş arasındaki Fer'iye Sarayı'na götürüldü. Ancak, bu yeni hapishanesinde de korkularından sıyrılamadı.

 

Fer'iye Sarayı'na götürülmesinin üçüncü günü, odasında bilekleri kesilmiş olarak ölü bulundu. Mabeyinci Fahri Bey olayı şöyle anlatıyor :  'Ben abdest alacağım,' dedi. 'Pek güzel Efendim' dedim. Yanında yine hazinedarlar olarak, ben yine merdivende bulunduğum yere inip oturdum ve bir müddet durduktan sonra sofadan merdivene nazır tırabzana dayanmış olan hazinedarlardan Kevser namında bir hazinedar bana acele yukarı çıkmamı işaret etti. Hemen yukarı çıktığımda Efendimizin bulunduğu odanın kapısını kapalı buldum."

 

Valide Sultan ile hazinedarlar ve diğer kalfalar oda kapısının önünde idi ve kadınefendiler de bulunuyorlar idi. Kapının önünde bulunanlara sorduğumda Efendimizin sakalını düzeltmek için el aynasıyla makas istediğini ve üçüncü hazinedar Ebrukeman Kalfa'nın Valide Sultan'ın emriyle verdiğini ve Valide Sultan'ı yanından çıkarıp odanın kapısını hiddetle kapadığını söylediler. Efendimizin alışkanlığı üzere aralıkta sakalını düzeltmek için ayna ve makas ve cımbız gibi şeyler isteyip kullandığı hepimizce biliniyor olsa da, Efendimizin böyle üzgün bir durumda iken validesini odadan çıkarıp odanın kapısını hiddetle kapaması hepimizi meraklandırdı. O sırada cariyelerden biri koridordan gelip içerideki odanın köşe penceresi önünde Efendimizin oturmakta ve sakalını düzeltmekte bulunduğunu gördüğünü haber vermesiyle Valide Sultan bana hitaben 'haydi gidip biz de bakalım' dedi..

 

"Birlikte gidip baktığımızda gerçi Efendimizin oturduğu odanın köşe penceresi görünüp kendilerini pencere önünde göremediğimizden Valide Sultan 'ihtimal ki kızların baktıklarını hissederek çekilmiştir' dedi. Valide Sultan ile birlikte odadan çıkıp koridordan gelirken Efendimizin kapısı önünde bulunan hazinedarların feryat ederek oda kapısından içeriye girmekte olduklarını gördük. Biz de Valide Sultan ile koşarak gelip odadan içeriye girdiğimizde sözü geçen odanın deniz tarafından sağ köşesindeki pencere önünde bulunan köşe minderi üstünde, yastığa dayanarak sağ tarafı üzerine yatmakta, minderin önündeki yerlerin kan içinde kalmış olduğunu, sol kolundan hızını almış olan kanın aktığını ve gözlerini gülümseyerek açıp kapatmakta olduğunu gördüğümüzde, Valide Sultan hemen oğlunu kucaklayıp ağlamaya ve bağırmaya başladı ve ikinci hazinedar da ayaklarına sarıldı. Bir yandan da Sultan Aziz'in dairesinden yükselen çığlıklar yeri göğü sarmıştı, Askerler içeriye girdiler. Ben de birlikte girdim. Bu sırada kalfalar askerin üzerine hücum ederek dövüşmeye başladılar. Dairede olanların çoğu Efendimizin yanına gelmiş olduklarından, çok kalabalıktı ve bağırışların, feryatların haddi hesabı yoktu. Bu durumda güçlükle merdivenden çıkıp ta Efendimizin bulunduğu odanın kapısına vardığımda uğursuz haberi aldım.”

"Tarih Konuşuyor" dergisinin Haziran/1964 tarihli 5. sayısında, "Sultan Aziz'in İntiharını Mah-ı Melek Kalfa Anlatıyor" başlığıyla çıkan yazıda, görgü tanığı olan bu saray kalfasının Kuşçubaşı Eşref Bey'e anlattıkları aktarılmaktadır.. Ağızdan ağza aktarılmış, sonunda yazıya geçirilmiş bu anlatımın altı çizilecek cümleleri şunlar : "(Kapı kırıldıktan sonra) Biz içeriye girerken Sultan Aziz'in yüzü bizden yana idi. Yatağında yatıyordu ve bizi görünce diğer tarafında bulunan duvara doğru bütün vücuduyla dönerek yüzünü duvara çevirdi. Bu esnada yatağın içini, kurbanda kesilen bir koyundan daha çok kanlar içinde gördük, feryat figanlar. Padişahımızın üstüne kapanarak biçare Efendimizi didiklemeye başladık (..) Oldukça zaman geçti. Kan hala akmakta idi. Nihayet uzun şapkalı bir doktor geldi. Hemen çarşaf içine aldırttı. Ne hikmet bilmiyorum, koridora çıkarın, dedi. Koridora çıkartılırken Efendimiz daha sağdı. Konuşmuyordu, baygın gibiydi. Fakat nefes alıyordu. Koridora çıkartıldıktan sonra dikkat ettim, hiç hareket ve nefes kalmamıştı.."

 

Abdülaziz'in ölümü hep tartışma konusu olmuştur. Resmî tarih olarak intihar ettiği yazılsa da özellikle son yıllarda öldürüldüğüne dair iddialar daha da artmıştır. Bahattin Öztuncay’'ın hazırladığı ve Aygaz tarafından yayımlanan “Hatıra-i Uhuvvet: Portre Fotoğraflarının Cazibesi 1846-1950” adlı kitapta ilk kez yayınlanan bir resimde Abdülaziz'in hal edildikten sonra ve ölmeden önce çekilmiş son fotoğrafı yer almaktadır. Bu resimde saray hizmetçileri laubali bir şekilde padişaha dirsek dayamış, padişah ise eski bir üst baş ve etrafa öfkeyle bakan gözlerle görülmektedir.