Hüseyni ailesi Kudüs şehrinin ileri gelenlerindendi. Uzun yıllardır idarecilik ve müftülük yapıyorlardı. Emin El Hüseyni, Osmanlı rüştiyesinde, Katolik ve Yahudi okullarında okudu. El Ezher’de İslam hukuku eğitimi aldı. 18 yaşında hacca gitti. 1913’te annesiyle birlikte ifa ettiği hac vazifesi ona isminin ayrılmaz bir parçası haline gelen “Hacı” lakabını kazandırdı. Gençliğinde tam bir 2. Abdülhamid hayranıydı. 1. Dünya Savaşı başlayınca İstanbul’a geldi. 1914’te Mekteb-i Harbiye’ye yazıldı. Ardından topçu subayı olarak mezun olup Osmanlı ordusunda teğmen rütbesi ile vazifeye başladı. İzmir’de görev yaparken hastalandı, hastaneye yatırılıp tedavi oldu. 1917 yılının başında Kudüs’e tayin edildi.

El Hüseyni Kudüs’e dönünce birden bire saf değiştirdi ve Şerif Hüseyin’in Osmanlı’ya karşı ilan ettiği Cihad’a katılarak İngiliz ordusuna hizmet etmeye başladı. İngiliz işgalinin ardından 1921'de Kudüs müftülük seçimine katıldı, kazanamadı en az oyu aldı fakat buna rağmen İngilizler tarafından müftü olarak atandı. Ortadoğu tarihçisi W. Cleveland onun müftü olarak tayin edilmesinde İngilizlere verdiği şiddet olaylarını engelleme sözünün etkili olduğunu vurgular. Silah ve Zeytin Dalı kitabında David Hirst de onun şiddet konusundaki tavrını değiştirmesi ve düzeni korumaya söz vermesi karşılığında müftü atandığını belirtir. Emin El-Hüseyni, İngiltere'nin Filistin'e Yahudileri yerleştirme planı (Balfour Deklarasyonu) yürürlüğe konulduğu zaman bile sesini çıkarmadı iş birliğine devam etti. Hüseyin İngilizleri ve Siyonistleri hukuki yollarla alt edebileceğini düşünüyordu nasıl ki Irak ve Ürdün’de bağımsız Arap devletleri kurulmasına izin verilmişti Filistin’de de bağımsız bir Arap devleti kurulabilirdi. Ancak bu beklenti büyük bir hüsranla sonuçlanacaktı. Çünkü İngiliz devlet adamları Yahudilerin geleceğini Filistinlilerin hukuki haklarından daha önemli görüyorlardı. İngilizler işgali asla sonlandırmadıkları gibi Filistin topraklarında bir Yahudi devletinin kurulması için de ellerinden gelen her şeyi yapıyorlardı. Hüseyni bir kez daha saf değiştirdi. 1937 Arap ayaklanmasında İngilizlerle arasındaki 20 yıllık bağ koptu. Tutuklanma tehlikesi vardı. Önce Lübnan'a kaçtı ardından Irak’a geçti.

Hüseyni'nin yaklaşacağı yeni liman Nazi Almanya’sı olacaktı 2. Dünya savaşı başlayınca Hüseyni Müslümanları İngiltere’ye karşı Almanya’nın yanında savaşa çağırıp cihad ilan etti. Müslümanlar arasında Hitler yandaşlığı uyandırmak üzere yayınlara başlayan Hüseyni, her gün Alman radyosunda konuşarak Balkanlarda yaşayan Müslümanları Hitler’in komutası altında İslam Cihadı’na çağırıyordu. Hitler'in asıl adının Haydar kendisinin gizli Müslüman olduğunu söyleyerek yalan bir propaganda yapıyordu. Çağırılarını Kudüs Müftüsü olarak yapan Hüseyni’nin yayınları Balkanlardaki Müslümanlar üzerinde oldukça etkili olmuş, genç Müslümanlar Müslüman Nazi Bölükleri oluşturmuşlardı. Müslümanların korkusuz  askerler olduğuna inanan Heinrich Himmler, Balkan Müslümanlarından 3 SS Tümeni kurdurdu. Boşnak Hançer, Arnavut İskender Bey ve yine Boşnak Kama… Nazi ordusuna katılan Müslüman askerlere, Almanların verdiği  “İslam ve Yahudilik” adlı kitap okutuluyordu. Hüseyni tarafından Yahudi düşmanlığıyla doldurulan Müslüman gençler, doğrudan Hüseyni’nin denetiminde yürütülen silahlı eğitimlerden geçerek Almanya safında cepheye sürülüyordu. Nazi ordusunda Hançer tümeni adıyla Bosnalı Müslüman askerlerden kurulu olan tümenin bizzat Hüseyni tarafından çizilen bir de bayrağı vardı. Bu bayrakta Gamalı Haç ve kılıç sallayan bir el yer alıyordu. Hüseyni, Nazi ordusunda görev yapan Müslüman subaylara, “İslam İlkeleriyle Nazi ilkelerinin birbirlerine çok benzediğini, bir Müslüman’ın Nazi ilkelerine uymakla Allah’ın buyruğunu da yerine getirdiğini söylüyordu. Araplar için "yarı-maymun" bir ırk diyen Hitler Hüseyni için "Ataları arasında çok sayıda aryan olmalı. Hem de Romalıların en seçkinlerinden" şeklinde iltifatlarda bulunuyordu.

Almanya savaşı kaybedince Hüseyni Fransızlar tarafından yakalandı. Önce yargılanması istendi fakat sonra vazgeçtiler. Fransızlar Suriye-Irak-Ürdün'de azalan itibarlarını yeniden sağlamak için eski müftüyü kullanmaya başladılar. Ancak İngiltere, Nazilerle iş birliği yapan bir İngiliz vatandaşı olduğu için müftünün kendilerine teslim edilmesini istiyordu. Yugoslavya'da Tito öncülüğünde kurulan Sosyalist idare de Yugoslavya'da soykırım suçu işlediği için Hüseyni'nin kendilerine verilmesini talep ediyordu. Fransa Hüseyni'yi yargılamak isteyen ülkelere göndermedi. Fransız emperyalizmine hizmet etmek karşılığında Kudüs eski müftüsü, üst düzey Naziler arasında tek yargılanmayan isim olmayı başardı. Daha sonra Hüseyni, Müslüman Kardeşlere (İhvan el Müslimin) yakın bir Suriyeli siyasetçinin sağladığı belgeleri kullanarak Fransa derin devletinin yardımıyla ülkeden ayrıldı ve Mısır'a gitti. Ne yazık ki ömrü boyunca siyasi oyunların kurbanı olmuş, sürekli yeni ittifak arayışlarına girmiş ve her seferinde sükut-ı hayale uğramıştı. 4 Temmuz 1974’te Beyrut’ta vefat etti. Bir Osmanlı vatandaşı olarak başlayan hayatı vatansız bir mülteci olarak sona erdi.